Công văn 5649/CT-CS năm 2025 của Cục Thuế làm rõ một tình huống rất thực tế: doanh nghiệp đầu tư xây dựng công trình, sau khi hoàn thành và bàn giao để quản lý, vận hành thì phải lập hóa đơn GTGT tại thời điểm bàn giao theo quy định. Với các doanh nghiệp xây dựng, lắp đặt, chủ đầu tư dự án hoặc đơn vị kế toán dịch vụ đang theo dõi hồ sơ công trình, điểm cần chú ý không chỉ là “có xuất hóa đơn hay không”, mà là xuất vào đúng mốc nghiệp vụ nào.
Trong thực hành kế toán, nhiều sai sót phát sinh vì đội dự án xem ngày thu tiền là mốc chính, trong khi quy định về hóa đơn đối với xây dựng, lắp đặt lại đặt trọng tâm vào thời điểm nghiệm thu, bàn giao công trình, hạng mục hoặc khối lượng hoàn thành. Nếu chậm lập hóa đơn so với mốc bàn giao, doanh nghiệp có thể gặp rủi ro về kê khai thuế, đối chiếu doanh thu và giải trình hồ sơ.
Công văn 5649/CT-CS 2025 nói gì?
Theo nội dung được công bố, Cục Thuế cơ bản thống nhất với quan điểm xử lý của Thuế tỉnh Hà Tĩnh đối với trường hợp công ty đầu tư xây dựng công trình điện Sân phân phối 500kV. Khi công trình hoàn thành và được bàn giao để quản lý, vận hành, tại thời điểm bàn giao công ty lập hóa đơn GTGT theo quy định.
Điểm thực tế nằm ở chữ “bàn giao”. Công trình có thể còn vướng thanh toán, quyết toán nội bộ, điều chỉnh chi phí hoặc nghiệm thu hồ sơ phụ trợ, nhưng nếu đã có phần công việc hoàn thành được nghiệm thu, bàn giao theo quy định thì kế toán cần xem xét nghĩa vụ lập hóa đơn cho giá trị tương ứng.
Mốc lập hóa đơn: nghiệm thu, bàn giao — không chờ thu tiền
Với hoạt động xây dựng, lắp đặt, quy định tại Nghị định 123/2020/NĐ-CP về hóa đơn, chứng từ nêu nguyên tắc thời điểm lập hóa đơn là thời điểm nghiệm thu, bàn giao công trình, hạng mục công trình hoặc khối lượng xây dựng, lắp đặt hoàn thành, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa. Đây là khác biệt quan trọng so với cách nhiều doanh nghiệp quản trị dòng tiền.
Nói cách khác, kế toán không nên chỉ nhìn lịch thanh toán trong hợp đồng. Lịch thanh toán giúp quản trị công nợ, nhưng biên bản nghiệm thu, hồ sơ bàn giao và giá trị khối lượng hoàn thành mới là căn cứ cần được rà soát để xác định thời điểm lập hóa đơn.
Nếu bàn giao toàn bộ công trình: rà soát ngày nghiệm thu, ngày bàn giao và giá trị công trình bàn giao.
Nếu bàn giao từng hạng mục hoặc từng phần khối lượng: mỗi lần bàn giao cần xem xét giá trị tương ứng để lập hóa đơn phù hợp.
Nếu chưa thu tiền: vẫn cần đánh giá nghĩa vụ hóa đơn theo mốc nghiệm thu, bàn giao, không đợi dòng tiền về.
Giá tính thuế GTGT cho hoạt động xây dựng, lắp đặt
Khi xác định giá tính thuế, doanh nghiệp cần bám vào giá trị công trình, hạng mục công trình hoặc phần công việc thực hiện bàn giao chưa có thuế GTGT. Trường hợp xây dựng, lắp đặt không bao thầu nguyên vật liệu, máy móc, thiết bị, giá tính thuế cần phân biệt phần giá trị xây dựng, lắp đặt với giá trị vật tư, máy móc, thiết bị không thuộc phạm vi bao thầu.
Với doanh nghiệp có nhiều hợp đồng EPC, hợp đồng thi công từng phần hoặc hợp đồng có điều khoản tạm ứng, kế toán nên đối chiếu ba nhóm hồ sơ: hợp đồng và phụ lục, biên bản nghiệm thu/bàn giao, bảng xác nhận giá trị khối lượng hoàn thành. Việc tách rõ giá trị chịu thuế giúp hạn chế sai lệch giữa hóa đơn, doanh thu ghi nhận và hồ sơ quyết toán công trình.
Rủi ro thường gặp khi xử lý hóa đơn công trình
Các lỗi về hóa đơn trong dự án xây dựng thường không xảy ra ở bước lập hóa đơn cuối cùng, mà phát sinh từ việc thiếu quy trình nối dữ liệu giữa đội kỹ thuật, phòng dự án, kế toán và lãnh đạo phê duyệt. Một biên bản bàn giao đã ký nhưng chưa được chuyển cho kế toán có thể khiến hóa đơn bị lập muộn. Ngược lại, kế toán xuất hóa đơn khi chưa đủ hồ sơ nghiệm thu cũng tạo rủi ro giải trình.
Không cập nhật kịp biên bản nghiệm thu, bàn giao từ đội dự án sang kế toán.
Nhầm lẫn giữa ngày thu tiền, ngày xuất kho vật tư và ngày bàn giao khối lượng hoàn thành.
Không tách rõ giá trị xây dựng, lắp đặt trong trường hợp hợp đồng không bao thầu vật tư, thiết bị.
Thiếu hồ sơ chứng minh giá trị công trình hoặc hạng mục đã bàn giao.
Không lưu vết phê duyệt nội bộ trước khi lập hóa đơn điện tử.
Kiểm soát hóa đơn điện tử sau Nghị định 70/2025/NĐ-CP
Nghị định 70/2025/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung nhiều nội dung của Nghị định 123/2020/NĐ-CP về hóa đơn, chứng từ và có hiệu lực từ ngày 01/6/2025. Trong bối cảnh đó, doanh nghiệp càng cần kiểm soát tốt dữ liệu hóa đơn điện tử, trách nhiệm chuyển dữ liệu đến cơ quan thuế và các hành vi bị cấm trong lĩnh vực hóa đơn, chứng từ.
Về mặt quản trị, doanh nghiệp nên xem hóa đơn công trình là một bước trong chuỗi hồ sơ bàn giao, không phải thao tác riêng lẻ của kế toán. Khi hệ thống lưu trữ được hợp đồng, biên bản nghiệm thu, giá trị bàn giao, hóa đơn điện tử và trạng thái gửi dữ liệu, việc kiểm tra sau này sẽ rõ ràng hơn nhiều.
Checklist áp dụng ngay cho kế toán và chủ doanh nghiệp
Thiết lập mốc kiểm tra hóa đơn ngay khi có biên bản nghiệm thu hoặc bàn giao hạng mục.
Đối chiếu hợp đồng, phụ lục và bảng xác nhận giá trị khối lượng hoàn thành trước khi lập hóa đơn.
Phân biệt hợp đồng có bao thầu và không bao thầu nguyên vật liệu, máy móc, thiết bị để xác định giá tính thuế.
Không dùng ngày thu tiền làm căn cứ duy nhất để xác định thời điểm lập hóa đơn xây dựng, lắp đặt.
Lưu hồ sơ bàn giao, phê duyệt nội bộ, hóa đơn điện tử và trạng thái truyền dữ liệu cơ quan thuế cùng một bộ hồ sơ.
Rà soát các dự án đã bàn giao nhưng chưa xuất hóa đơn hoặc đang treo do chờ quyết toán.
Gợi ý quy trình nội bộ cho dự án xây dựng
Một quy trình thực tế có thể bắt đầu từ đội dự án: khi có nghiệm thu hoặc bàn giao, bộ phận phụ trách cập nhật hồ sơ và giá trị khối lượng hoàn thành. Kế toán nhận thông tin, kiểm tra điều khoản hợp đồng, xác định giá trị lập hóa đơn, xin phê duyệt nếu cần và lập hóa đơn điện tử. Sau đó, hồ sơ được lưu lại cùng chứng từ gửi cơ quan thuế và trạng thái công nợ.
Với doanh nghiệp có nhiều công trình hoặc nhiều hạng mục bàn giao theo đợt, nên có bảng theo dõi riêng cho từng dự án: ngày nghiệm thu, ngày bàn giao, giá trị đã xuất hóa đơn, giá trị còn lại, tình trạng thanh toán và người chịu trách nhiệm. Cách làm này giúp chủ doanh nghiệp nhìn được cả nghĩa vụ thuế lẫn dòng tiền.
Kết luận
Công văn 5649/CT-CS 2025 nhắc lại một điểm then chốt: với hoạt động xây dựng, lắp đặt, thời điểm nghiệm thu, bàn giao công trình hoặc khối lượng hoàn thành là mốc cần đặc biệt chú ý khi lập hóa đơn GTGT. Doanh nghiệp không nên chờ đến lúc thu được tiền mới xử lý hóa đơn nếu hồ sơ bàn giao đã hoàn tất theo quy định.
Bài viết này mang tính cập nhật và gợi ý thực hành cho doanh nghiệp. Khi áp dụng vào hồ sơ cụ thể, kế toán nên kiểm tra văn bản pháp luật hiện hành, hợp đồng, biên bản nghiệm thu, hướng dẫn của cơ quan thuế quản lý trực tiếp và bối cảnh thực tế của từng dự án.